総務部、経理部、事業部、中央換地センター、中央土地改良管理指導センター、土地改良広報センターを置いています。また、土地改良研究所を設置し、企画研究部、管理システム研究部、技術開発部、システム開発部、農村整備対策室を置いています。

参考
土地改良法
第4章　土地改良事業団体連合会
（会員の資格）

第111条の10　地方連合会の会員たる資格を有する者は、地方連合会の地区内において土地改良事業を行う者であって定款で定めるものとする。

2　全国連合会の会員たる資格を有する者は、次に掲げる者であって定款で定めるものとする。
1 その施行に係る地域が二以上の都府県の区域にわたる土地改良事業その他その施行に係る地域内の土地の面積が省令で定める面積をこえる土地改良事業を行う者
2　会員が任意に加入し、又は脱退することができること。

土地改良法施行規則
（全国土地改良事業団体連合会の会員資格に係る土地の面積）
第89条の2　法第111条の10第2項第1号の省令で定める面積は、1万ヘクタールとする。